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VOTCA 模块

可通过原子尺度模拟生成介观及粗粒化力场。

特性&功能
利用LAMMPSGROMACS自动生成的轨迹文件,VOTCA能够生成不同水平粗粒化的介观模拟力场。利用VOTCA可对力场进行自定义开发并高效的提升模拟尺度。

概述
Versatile Object-oriented Toolkit for Coarse-graining Applications粗粒化多功能应用(VOTCA)为粗粒化模拟软件,致力于对分子动力学数据分析及粗粒化技术的系统开发。VOTCA可基于原子尺度的分子力学模拟为介观模拟生成新的势能。通过运动轨迹分析生成与介观模拟的珠子尺寸相一致的势能列表。典型的粗粒化流程包括对原子尺度考察体系的取样、利用特定映射及粗粒化方法分析运动轨迹并生成粗粒化势能,及利用迭代方法运行粗粒化模拟并迭代精修粗粒化势能。VOTCA通过两种方法生成力场:

● 迭代波尔兹曼反演:基于结构再现分布方程。该迭代法被用于对成键及非键势能的精修。

● 作用力匹配:对多体势能的平均作用力进行匹配。

MAPSGROMACSLAMMPS中的VOTCA的两种模拟引擎支持原子尺度模拟并进一步生成力场。需为每个引擎提供相应的原子轨迹文件,也即不能用GROMACS的轨迹文件在LAMMPS运行VOTCA,反之亦然。一种引擎生成的力场列表可在相同的引擎下用于后续的介观模拟。

         利用VOTCA生成原子离子液体体系的介观力场。


参考文献
[1] V. Rühle et al. J. Chem. Theory Compu. 2009, 5(12), 3211-3223.

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