基于扭转驱动方法来系统地生成各种低能量构象体的有用工具。

特性&功能

CONFORMER SEARCH允许基于系统方法执行构象生成，该方法应用一组扭转规则，以根据多样性准则提供一组所有低能的构象。几秒钟之内，就可以探索多种构象，这些结构可以用作其他优化方法的输入。

概述

CONFORMER SEARCH是一个构象生成器，目的是系统地覆盖构象空间，并提供各种低能构象的集合。

CONFORMER SEARCH使用扭矩驱动法，遵循一组算法特定的规则来生成构象。待测构象的数目可由用户控制。这个构象空间是随机访问的，以确保抽样的充分性。

仅考虑用户设置的截断能范围内的构象（相对于最低能量构象）。能量使用MMFF94力场评估。两种构象之间的多样性是用均方根偏差确定的，可以由用户定义。

通过对构象的搜索，可以快速生成一个构象集合，该集合可作为虚拟筛选实验、高精度从头算或QSAR建模的输入。

图示为N-acetyl hydroxyproline methylester的构象搜索界面及检索结果。

参考文献

[1] N. O’Boyle, T. Vandermeersch, C. Flynn, A. Maguire, C. Hutchison, CONFORMER SEARCH - Systematic generation of diverse low-energy conformers, J. Cheminform. 3 (2011) 8.

[2] J.P. Ebejer, G.M. Morris, C.M. Deane, Freely Available Conformer Generation Methods: How Good Are They?, J. Chem. Inf. Model. 52 (2012) 1146-1158.